Environ 1 000 ans avant notre ère, le territoire de LA GARNACHE était situé sur un promontoire dont BEAUVOIR SUR MER était le cap extrême et entouré des marais de BOUIN au Nord et SALLERTAINE au Sud.
Environ 2 siècles avec J.C. la tribu gauloise des AGNUTES s'installa dans le pays de RETZ, alors couvert d'immenses forêts. C'étaient des marins, des agriculteurs et des éleveurs.
La civilisation romaine pénétra dans le pays grâce à l'ouverture de voies nouvelles et laissa des traces de constructions dans la région (Pont-Habert, déas, Ampan) habitée alors par la tribu des Pictons qui s'étendirent jusqu'à POITIERS et propagèrent la religion chrétienne.
C'est l'époque (V ou VIè siècle) de la naissance des premiers "moustiers" (monastères) dont celui dépendant de LA GARNACHE, ouvert en 673 dans l'Ile d'HER (NOIRMOUTIER) par PHILBERT. La construction antérieure de la motte permit le dépôt de sépultures chrétiennes méroviengiennes.
La dynasttie des seigneurs de LA GARNACHE débute vers 1045, sous l'autorité du vicomte de THOUARD et s'étend sur un vaste territoire (Beauvoir, Bois de Cené, Iles d'Yeu et Noirmoutier, Sallertaine...).
Jusqu'en 1214, six seigneurs édifièrent et fortifièrent le puissant château, avant que terres et bâtiments ne passent successivement aux familles de BELLEVILLE, de CLISSON et de ROHAN SOUBISE. De ce fait, après, la ville sera disputée pendant 80 ans entre les calvinistes et les catholiques.
Cette période troublée s'achève à la promulgation de l'Edit de NANTES en 1598. En 1622, Louis XIII ordonne le démantèlement de la forteresse.
En 1793, LA GARNACHE fournira, malgré lui, à l'insurrection vendéenne l'un de ses chefs les plus connus : le Chevalier François Athanase Charette de la Contrie.